Ninja Gaiden 4 представляет нового ниндзя, чьи способности сопоставимы с возможностями Рю Хаябусы.

В начальном сюжете Ninja Gaiden 4 Рю Хаябуса ещё не является центральным персонажем. Вместо этого ему и Организации Божественного Дракона удаётся навсегда заточить злобного Тёмного Дракона. Однако этот поступок запускает цепную реакцию, в результате которой над Токио опускается токсичный туман, названный скверной, делая его непригодным для жизни. В результате появляется новый герой по имени Якумо вместе с кланом Воронов, который враждует с Рю и кланом Хаябуса. Цель Якумо — найти Сеори, жрицу драконов, и уничтожить её согласно пророчеству клана Воронов. Считается, что это положит конец угрозе Тёмного Дракона раз и навсегда.

